基于特殊的地理位置与历史条件，南京在整个中国近代建筑史中占据重要的地位，近代的思想碰撞与历史变迁都在城市建筑中留下独特的印记，南京近代建筑博物馆集中展示南京具有代表性的近代建筑，同时以建筑为视角展示近代的历史。

　　【常设展：西风东渐中的建筑沧桑】

　　常设展区通过历史分期，对南京近代建筑历史进行梳理，以不同历史时期串联出南京代表性的近代建筑，并展示与建筑有关的故事和其背后的历史。

　　【主题展：一条长江路，半部南京史】

　　主题展区展示内容由“长街尽览一沧桑历史变迁”、“蔚为大观一著名近代建筑”和“道旁凝望一重点历史片区”三部分组成，展示长江路一千八百多年的历史变迁。